Meister der Saison 2008/09 wurde der VfL Wolfsburg, was für viele als Überraschung galt. Dieser Erfolg war eng verknüpft mit dem Trainer Felix Magath, der die Niedersachsen schon ein Jahr zuvor als Fünfter in den UEFA-Pokal geführt hatte – in den beiden Saisons zuvor wären die Wolfsburger jeweils als 15. fast abgestiegen. Wenige Spieltage vor Schluss hatte Magath allerdings trotz des Titelkampfes bekannt gegeben, in der kommenden Saison für Schalke 04 zu arbeiten. Nach Ende der Hinrunde belegte Wolfsburg nur Rang neun, als beste Rückrundenmannschaft holte sie den Rückstand auf und gewann den Titel. Ähnlich ambivalent zeigte sich der VfL auch in anderer Hinsicht: In der Auswärtstabelle belegte er lediglich Platz acht, im eigenen Stadion verpasste er allerdings nur zwei Punkte. Höchste Siege dort waren das 5:1 gegen den FC Bayern München, das 5:1 gegen Werder Bremen und das 4:0 gegen 1899 Hoffenheim.
Der von vielen als Favorit eingestufte FC Bayern München spielte nach dem Double des Vorjahres unter den Erwartungen vieler. Ohne einmal Tabellenführer gewesen zu sein, hatten die Münchner, die ihren neuen Trainer Jürgen Klinsmann fünf Spieltage vor Schluss durch Jupp Heynckes ersetzt hatten, im letzten Spiel zwar noch Chancen auf die Meisterschaft, beendeten die Saison dann aber ohne Titel.
Der VfB Stuttgart war, gemessen an den eigenen Erwartungen, schwach in die Saison gestartet, was zur Entlassung des Meistertrainers von 2007, Armin Veh, führte. Nachfolger wurde Markus Babbel, der noch keinen Trainerschein besaß. Unter ihm konnten sich die Schwaben bis in den Meisterschaftskampf hocharbeiten, verloren aber am letzten Spieltag das direkte Duell um Platz zwei bzw. eins – je nach Resultat von Wolfsburg – bei Bayern München mit 1:2.
Als weitere Überraschung neben dem VfL Wolfsburg galt Hertha BSC. Erstmals in der Vereinsgeschichte führten die von Lucien Favre trainierten Berliner in der Rückrunde sogar mehrere Spieltage die Tabelle an. An den letzten Spieltagen verspielten sie allerdings die Qualifikation zur Champions League und belegten Rang vier (0:0 gegen Schalke, 0:4 beim Karlsruher SC).
Der Hamburger SV unter dem zu Saisonbeginn gekommenen Trainer Martin Jol spielte lange Zeit um die Meisterschaft mit. Als besonderer Saisonhöhepunkt galten die sogenannten Norddeutschen Festspielwochen, als Hamburg viermal innerhalb von 19 Tagen in verschiedenen Wettbewerben gegen den Erzrivalen Werder Bremen antreten musste, wobei der HSV sowohl im DFB-Pokal als auch im UEFA-Cup ausschied. Zum Abschluss gewann Bremen auch im Bundesliga-Heimspiel am 10. Mai mit 2:0. Allerdings blieb Hamburg erstmals seit sechs Jahren in der Liga vor den Bremern. Das 3:2 in Frankfurt in der 90. Minute am letzten Spieltag bedeutete Platz fünf vor Dortmund, das sich unter dem neuen Trainer Jürgen Klopp mit dem sechsten Tabellenplatz deutlich verbessern konnte, auch wenn der erhoffte internationale Startplatz ausblieb. Dabei bedeuteten die 59 Punkte des BVB die höchste Zahl der Bundesligageschichte, mit der jemals der fünfte Tabellenplatz verfehlt wurde.
Der Aufsteiger 1899 Hoffenheim hatte in der Hinrunde unter großer medialer Aufmerksamkeit die Herbstmeisterschaft errungen. In der Rückrunde zeigte sich das Team von Ralf Rangnick dann aber deutlich schwächer und rutschte auf Platz sieben ab. Der von Fred Rutten geführte FC Schalke 04, der mit gewissen Titelambitionen gestartet war, blieb von Anfang an hinter vielen Erwartungen und Anforderungen zurück, was zur Entlassung des Trainers führte. Mit dem achten Platz erreichte Schalke zum ersten Mal seit neun Jahren keinen europäischen Wettbewerb. Auch Bayer Leverkusen, das ein Jahr zuvor schon wegen des siebten Platzes den Trainer gewechselt hatte, erreichte unter Bruno Labbadia die Ziele nicht. Die Mannschaft von Werder Bremen hingegen schwächelte von Beginn an und belegte am Ende mit Platz zehn den schlechtesten Platz seit zehn Jahren. Im UEFA-Pokal kam sie allerdings bis in das Finale, und mit dem Gewinn des DFB-Pokals gelang am Ende doch noch der Einzug in den internationalen Wettbewerb. Auch Hannover 96 konnte sein Ziel, die Qualifikation für die Europa League, nicht erreichen. Die Niedersachsen litten in dieser Saison bei einer leicht überdurchschnittlichen Heimbilanz vor allem unter ihrer Auswärtsschwäche.
Tabellenletzter wurde Arminia Bielefeld; die Entlassung Michael Frontzecks und die Beschäftigung Jörg Bergers für ein Spiel hatte dies nicht verhindern können, im Gegenteil: Die Ostwestfalen lagen lange Zeit auf dem 16. Tabellenplatz, der zur Relegation berechtigt. Am letzten Spieltag rutschten sie durch ein 2:2 gegen Hannover 96 auf den letzten Platz. Der zweite direkte Absteiger war als Tabellen-Vorletzter der Karlsruher SC unter Trainer Edmund Becker. Bojan Prašnikar, der den FC Energie Cottbus im Vorjahr noch vor dem Abstieg retten konnte, belegte mit seinem Team am Ende den Relegationsplatz und unterlag in den beiden Entscheidungsspielen dem 1. FC Nürnberg (0:3 und 0:2), wobei der Trainer bereits nach dem Hinspiel seinen Rücktritt ankündigte. Erfolgreicher war Hans Meyer, der schon in der Hinrunde Jos Luhukay als Trainer des derzeitigen Tabellenletzten Borussia Mönchengladbach abgelöst hatte und die „Fohlen“ auf Platz 15 führte, seinen Vertrag allerdings nach der Saison auflösen ließ. Auch der VfL Bochum, der am Ende Vierzehnter wurde, hatte an einigen Tagen auf einem Abstiegsplatz gelegen. Wenig spektakulär war die Saison für Hannover 96, den 1. FC Köln und Eintracht Frankfurt verlaufen, welche in der Abschlusstabelle die Plätze elf bis dreizehn einnahmen, was besonders für den Aufsteiger Köln als Erfolg gilt.
Bemerkenswert waren die niedrigen Punktzahlen der Teams auf den Plätzen 13 bis 15: Nie zuvor seit der Einführung des dritten Absteigers 1974 schaffte ein Team mit weniger als 34 Punkten (gerechnet nach der Dreipunkteregel) den Klassenerhalt. In dieser Saison erreichten dies hingegen gleich drei Teams: Frankfurt, Bochum und Mönchengladbach. In der folgenden Saison schafften dies zwei weitere Teams, Hannover und (über die Relegation) Nürnberg; 2012/13 dann der FC Augsburg und die TSG Hoffenheim über die Relegation, 2013/14 der VfB Stuttgart und der HSV über die Relegation, 2018/19 der FC Schalke und der FC Augsburg und 2019/20 der SV Werder Bremen über die Relegation.
In dieser Saison wurde kein offizieller Ligapokal oder Supercup ausgespielt.
Die Vereine der Bundesliga 2008/09:
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