Bayern München führte seit dem fünften Spieltag die Tabelle an, zweimal unterbrochen von Bayer 04 Leverkusen nach dem 6. und vom VfB Stuttgart nach dem 10. Spieltag. Als einzige ernstzunehmende Konkurrenz im Laufe der Saison erwies sich der 1. FC Köln, der unter Trainer Christoph Daum seine beste Saison seit der Meisterschaft 1977/78 spielte und nach dem 29. Spieltag bis auf einen Punkt an die Bayern herankam.
Dies erfolgte nach einer 0:2-Niederlage der Münchner bei den Stuttgarter Kickers. Köln schlug Dortmund 2:0. Danach vergrößerte sich der Vorsprung wieder. Köln spielte nur 2:2 in Hannover, Bayern gewann knapp gegen St. Pauli.
Das Duell zwischen dem FC Bayern und dem 1. FC Köln war in dieser Saison geprägt von der verbalen Auseinandersetzung am 20. Mai 1989 live im 'Aktuellen Sportstudio' des ZDF zwischen den Trainern und Managern Christoph Daum und Udo Lattek sowie Jupp Heynckes und Uli Hoeneß auf Seiten des FC Bayern. Hoeneß kündigte an, dass Daums Weg am 25. Mai zu Ende sei. Am 25. Mai kam es dann zu einem richtigen Endspiel in Köln. Bis zur 80. Minute stand es 1:1. Kölns Trainer Daum wollte die Entscheidung und nahm Jürgen Kohler vom Feld. Dessen Gegenspieler Roland Wohlfarth schoss in der Schlussphase zwei Tore und sicherte damit Bayern die Meisterschaft, deren Vorsprung zwei Spieltage vor Saisonende auf fünf Punkte angewachsen war.
In der Relegation setzte sich Bundesligist Eintracht Frankfurt knapp gegen den Vertreter der 2. Bundesliga, den 1. FC Saarbrücken durch (2:0, 1:2).
Die Vereine der Bundesliga 1988/89:
Abschlusstabelle:
Torschützen:
Meistermannschaft: